药学院药学专业是2005年12月经教育部批准增设的，2006年9月正式招生的新专业。按照上海市教育委员会要求对2006年设置并招生的本科新专业进行检查的文件精神（沪教委高〔2009〕13号），2009年6月10日华东理工大学聘请了校外专家组对药学新专业的建设情况进行了实地检查。专家组由五位成员组成，组长为第二军医大学药学院副院长柴逸峰教授，成员有复旦大学药学院药物化学教研室主任叶德泳教授、上海交通大学药学院院长助理钱秀萍副教授、同济大学化学系副系主任姚天明教授、以及上海中医药大学教务处长胡鸿毅教授。
专家组首先听取了新专业检查汇报。上午九点，新专业检查报告会在药学院会议室举行，报告会由副院长唐赟教授主持，教务处副处长林大钧教授代表教务处致欢迎词，随后药物科学系系主任邓卫平教授就药学新专业办学指导思想、师资队伍、基本教学条件、教学过程、教学管理、教学效果等六个方面的建设情况向专家组进行了汇报。报告会结束后，五位专家集体听取了药物设计专业实验的教学情况，并查阅了与教学相关的所有文件和材料。下午专家组分别召开了教师和学生的座谈会，并对药学实验教学中心、药理学、药物分析、药物化学、生物化学等各个实验室进行了教学施设的实地考查，全面了解了新专业建设情况。
专家组认为：药学专业办学目标明确，办学定位准确，专业规划合理，建设思路清晰。经过三年多的建设，该专业学科优势明显，师资力量雄厚，结构合理；实验、实习和课程建设等教学基本条件优良；专业培养方案符合人才培养目标和专业定位，专业实验内容丰富，实践教学体系完整，使学生得到良好的训练与培养；教学管理制度健全，质量控制体系完整；教学秩序良好，特别是对学生的创新能力培养方面有明显的学科优势和人才培养特色。最后打出18个优1个良的好成绩，同时也对药学新专业今后的发展提出了一些宝贵的建设性意见。
药学院为了迎接校外专家组检查，作了大量的自查准备工作，并写了详细的自查报告。药学新专业正以此次评估为契机，以科学发展观引领专业发展，积极进取、努力工作，向“建设成国内一流、国际知名、特色鲜明的精品专业”的目标迈进。
